В данном случае НДФЛ не облагают только ту часть доли, которая принадлежала ему более 5 лет.
Ведомство уже давало подобные разъяснения. Тогда оно уточняло: номинальная стоимость доли не влияет на 5-летний срок.
Документ:
Письмо Минфина России от 01.06.2021 N 03-04-05/42617