Если товары оплатили за счёт средств льготного кредита на возобновление деятельности, на НДС-вычете это не скажется.

Минфин в своём разъяснении имеет в виду кредит для бизнеса по ставке 2 %. При исполнении определённых условий заёмщик не должен его возвращать.

Вычеты НДС, предъявленного продавцом покупателю при приобретении товаров, работ или услуг, предоставляются на основании счетов-фактур после того как товары примут к учёту и при наличии необходимой первички.

Этот порядок действует и при приобретении товаров, работ или услуг за счёт «коронавирусного» кредита.

Документ:

Письмо Минфина России от 09.09.2020 N 03-03-06/1/79206